Alors que les superchampignons se propagent, le CDC tire la sonnette d’alarme

CDC warns as superfungi spread

L’hôpital faisait tout ce qu’il pouvait. Il a mis en place une unité séparée pour accueillir les patients COVID-19. Il a imposé des mesures d’hygiène exhaustives pour empêcher la propagation du virus. Il a même utilisé la lumière ultraviolette pour la désinfection, qui à l’époque – juillet 2020 – était commercialisée avec beaucoup d’enthousiasme comme moyen d’éliminer les particules de COVID dans l’air.

Pourtant, les patients de cette unité médicale en Floride sont restés gravement malades. Ventilateurs, sondes d’alimentation, cathéters pompant des médicaments directement dans le cœur des patients – rien de tout cela ne semblait suffisant.

La lutte contre le virus faisait rage.

C’est alors qu’un test sanguin est revenu avec un résultat étrange. Puis un autre. Puis un autre.

Il s’est avéré que le COVID n’était pas le seul ennemi. Les patients étaient positifs pour un champignon : Candida auris, ou C. auris pour faire court. Ce n’était pas n’importe quelle levure. C. auris – un “superchampignon” associé, selon les scientifiques, au changement climatique – est capable de provoquer des infections envahissantes, parfois mortelles, selon les CDC. Le premier cas signalé en Floride remonte à 2017, et depuis lors, l’organisme a fait son apparition dans tout l’État. Dans l’unité COVID mise en place à l’été 2020, environ 35 patients ont été testés positifs pour le champignon en seulement 2 semaines. En 30 jours, huit sont décédés.

• Quand et pourquoi se faire vacciner contre la COVID-19, le VRS et l...
• Le tabagisme peut causer des dommages aux chromosomes et conduire à...
• Rester actif avec le cancer de la prostate

Aujourd’hui, la menace des superchampignons est toujours en hausse, et elle n’est pas limitée au seul État ensoleillé. Alors que la chaleur et la sécheresse ravagent de nombreuses régions du pays, des champignons résistants aux médicaments se propagent. Les inondations font se mêler les souches mortelles à des souches plus bénignes, permettant aux gènes résistants aux antimicrobiens de sauter d’une espèce à l’autre. Les ouragans font remonter les champignons ensevelis sous terre, projetant dans l’air des moisissures potentiellement mortelles.

Pendant ce temps, l’arsenal contre les superchampignons est de plus en plus réduit, car les médicaments vieux de plusieurs décennies sont moins efficaces et la nouvelle législation sur les médicaments est bloquée au Congrès. “Nous sommes un peu là où nous étions il y a 30 ans”, déclare John Rex, médecin et directeur médical de la société pharmaceutique F2G, et ancien membre du comité consultatif des médicaments anti-infectieux de la FDA. “Il reste très peu d’options.”

La naissance d’un superchampignon

De par sa nature, C. auris est un bébé. Il a été identifié pour la première fois à l’Institut de mycologie médicale de l’Université Teikyo, après que des médecins d’un hôpital de Tokyo ont eu du mal à traiter une femme de 70 ans dont les symptômes laissaient penser à une simple infection de l’oreille. Ce que les chercheurs ont découvert n’était pas du tout basique : de petites cellules en forme de pilule qui indiquaient une espèce distincte. Leur étude de cas a été publiée en 2009, mais C. auris n’a été découvert aux États-Unis qu’en 2016.

Un bébé, peut-être, mais loin d’être inoffensif. Près de 20% des patients de la première série de cas aux États-Unis sont décédés dans les 30 jours suivant l’infection par le champignon. Ce chiffre a doublé en 3 mois.

Il est essentiel de ne pas confondre C. auris avec ses cousins moins virulents comme C. albicans, qui sont facilement traitables, souligne Tina Tan, médecin spécialiste des maladies infectieuses à l’hôpital pour enfants Lurie et vice-présidente de la Société américaine des maladies infectieuses. “Il faut vraiment être vigilant”, dit Tan, “et comprendre avec quoi vous avez affaire.”

Maintenant, C. auris est en tête de liste des “plus recherchés” par les CDC. Plus tôt cette année, l’agence a qualifié le champignon de “menace urgente” parce qu’il est souvent résistant à plusieurs médicaments antifongiques, qu’il se propage facilement dans les établissements de santé et qu’il peut causer des infections graves avec un taux de mortalité élevé. Un article basé sur les données des CDC a noté une “augmentation spectaculaire” de la propagation du champignon, avec 17 États signalant leurs premiers cas entre 2019 et 2021. Depuis lors, 18 autres États ont vu leurs premiers cas.

Les épidémies “démontrent à quel point quelque chose peut se propager”, déclare Meghan Lyman, médecin et responsable médicale de la Division des maladies mycotiques des CDC.

C. auris est distinctif de manière à rendre difficile la maîtrise des épidémies, dit-elle. Le champignon est robuste : il peut survivre pendant des semaines sur des surfaces allant des toilettes aux téléphones. Il est tenace : des produits comme Purell, Lysol et Virex ne peuvent pas empêcher sa propagation. Il est insaisissable : les tests biochimiques traditionnels le diagnostiquent souvent à tort ou ne le détectent pas du tout. Et il change de forme, apparaissant parfois en lignes, d’autres fois en ovales ; parfois isolé, d’autres fois en amas.

Étant donné la facilité avec laquelle elle se propage, les professionnels de la santé font face à un défi de taille. Jeffrey Rybak, pharmacien et chercheur en résistance antifongique à l’hôpital de recherche pour enfants St. Jude, a reçu des appels d’un collègue à l’autre bout du pays lui demandant des conseils sur la façon de maîtriser l’épidémie. “Vous devez vous soucier du patient devant vous – et vous soucier tout autant des autres patients dans l’établissement”, dit-il. Souvent, Rybak dit que “vous menez un combat perdu d’avance du point de vue du contrôle des infections”.

Les scientifiques affirment que le changement climatique joue un rôle direct

Le C. auris n’est pas apparu de nulle part. Les chercheurs affirment qu’il est là à cause du changement climatique, ce qui en fait l’une des premières maladies infectieuses – certains disent la première – directement liée à la crise climatique.

Un groupe de chercheurs de Johns Hopkins, du MD Anderson Cancer Center et des Pays-Bas cite plusieurs raisons : des environnements plus chauds qui ont à peu près la même température que le corps humain, des sécheresses qui entraînent des marais salés similaires au sang, et une exposition intense à la lumière ultraviolette qui favorise les mutations. Bien que les auteurs concèdent que le réchauffement climatique “ne peut pas tout expliquer”, ils affirment que l’émergence du C. auris “alimente les inquiétudes selon lesquelles l’humanité pourrait être confrontée à de nouvelles maladies dues à l’adaptation fongique aux climats plus chauds”.

Il est révélateur que les États fortement touchés par le changement climatique signalent le plus grand nombre de cas de C. auris. Le Nevada, par exemple, a connu des vagues de chaleur prolongées ces dernières années, ainsi qu’une intense sécheresse qui menace le bassin du fleuve Colorado, selon l’Administration nationale des océans et de l’atmosphère. Par coïncidence, l’État a enregistré un nombre extraordinaire de patients atteints du C. auris par rapport à sa population – plus de 1600, selon le ministère de la Santé et des Services sociaux du Nevada. En juillet 2023, environ 140 d’entre eux étaient décédés.

Mark Pandori, directeur du laboratoire de santé publique de l’État du Nevada, suit les épidémies depuis le début. Il note qu’il n’y a que trois types de médicaments antifongiques, et comme les superchampignons peuvent être résistants à l’un ou plusieurs d’entre eux, les alternatives de traitement sont limitées. De plus, ces options sont souvent toxiques. L’un des médicaments est l’amphotéricine, qui peut provoquer une insuffisance rénale réversible.

Étant donné la difficulté à identifier le C. auris en premier lieu, les cas sont probablement sous-déclarés, selon Pandori. Avec des données incertaines, les médecins ne savent pas toujours quand et comment intervenir. “C’est comme tout autre défi, militaire ou autre”, dit-il. “Si vous n’avez pas d’informations, vous ne pouvez pas agir.”

Le réchauffement climatique fait migrer d’anciens champignons

Le C. auris n’est évidemment pas le seul défi médical lié au réchauffement climatique. Prenons, par exemple, le cas de 2010 d’un garçon dans l’État de Washington qui s’est rendu chez le pédiatre en se plaignant de douleurs thoraciques. Au départ, les médecins n’ont pas jugé nécessaire de l’hospitaliser, mais cela a changé lorsque, en l’espace de 3 jours, il a commencé à avoir des difficultés à respirer. Les tests ont ensuite révélé que ses poumons contenaient du coccidioides, le parasite responsable de la fièvre de la vallée, un champignon généralement trouvé à environ 1 000 miles au sud. C’était le premier cas documenté dans l’État de Washington. Un rapport de cas note que les “changements climatiques favorables à la colonisation permettent une expansion vers de nouvelles régions”.

En d’autres termes, le changement climatique ne fait pas seulement apparaître de nouveaux superchampignons, il permet également à d’anciens champignons de prospérer. “De petits changements de température pour les champignons les font s’adapter ou disparaître, et d’autres organismes prennent leur place”, déclare Tom Chiller, chef de la branche des maladies mycotiques du CDC.

Depuis que le coccidioides est apparu pour la première fois dans l’État de Washington, des champignons autrefois limités à certaines régions ont été découverts bien loin de leur lieu d’origine. La fièvre de la vallée est plus courante en dehors des vallées du Sud-Ouest pour lesquelles elle est nommée. L’histoplasmose, déclenchée par un champignon habituellement trouvé dans l’Ohio, se trouve maintenant au Michigan et au Minnesota. La blastomycose, normalement liée aux grottes du Sud-Est, a été découverte dans des États aussi éloignés que le Texas et le Vermont.

Pour la plupart des gens, les infections fongiques courantes – muguet, pied d’athlète, érythème fessier – sont facilement traitables avec des lingettes, des gouttes ou des pommades. Ces affections peuvent être plus graves pour les patients plus vulnérables tels que les nouveau-nés, les personnes âgées et les environ 9 millions d’Américains ayant un système immunitaire affaibli.

Et à mesure que d’anciens champignons se propagent dans de nouvelles régions, certains deviennent plus mortels. En exemple, Aspergillus fumigatus. Les hospitalisations dues à cette moisissure omniprésente ont augmenté de 40% ces dernières années. Elle figure désormais en tête de la liste de surveillance du CDC des organismes résistants qui peuvent “se propager au-delà des frontières et causer une morbidité et une mortalité importantes”, mais dont “la charge totale … n’est pas encore comprise”.

Ceci a également été l’expérience de Tan à Chicago. Au cours de la dernière décennie, elle a constaté des cas plus graves de blastomycose. Alors qu’auparavant, les enfants présentaient uniquement des maladies pulmonaires, ils ont maintenant des abcès fongiques dans les os et la peau. Dans des conditions plus chaudes et humides, les champignons ont tendance à être “poussés à fond”.

Les nouveaux médicaments arrivent lentement

Pour freiner la propagation et lutter contre la résistance aux antimicrobiens, les décideurs politiques et les leaders de l’industrie du monde entier ont intensifié leurs efforts.

D’une part, ils nomment le problème. En 2013, le représentant américain Kevin McCarthy, R-CA, a fondé le groupe de travail sur la fièvre de la vallée, qui visait à aider à développer de nouveaux médicaments antifongiques par le biais de la FDA. Mais les progrès ont été lents. Près d’une décennie après la création du groupe de travail, McCarthy continuait de souligner “le besoin critique de trouver des traitements efficaces”.

D’autre part, ils proposent des mesures législatives. En 2021, McCarthy a présenté la loi FORWARD (Finding Orphan-disease Remedies With Antifungal Research and Development) Act, dans l’espoir que les National Institutes of Health ciblent la coccidioidomycose, entre autres infections fongiques, et que la FDA donne la priorité au développement de médicaments antifongiques. Mais le projet FORWARD Act est resté bloqué à la Chambre. En 2022, la représentante Anna Eshoo, D-CA, a réintroduit une version simplifiée dans le cadre d’une loi plus vaste. Ce projet de loi, avec des améliorations supplémentaires, a été adopté à la Chambre en juin 2022 et adopté par le Congrès en décembre 2022.

Ne comptez pas sur une percée immédiate. Le projet de loi donne à la FDA près de 5 ans pour élaborer des directives qui permettront de mettre au point de nouveaux médicaments. Selon Beth Fritsch, responsable des affaires extérieures de la FDA, aucune directive de ce type n’avait été publiée en août 2023.

Des fonds sont investis dans le développement de médicaments. Par exemple, il y a le fonds d’action contre la résistance aux antimicrobiens (AMR), un investissement conjoint impliquant la Fédération internationale des fabricants et associations pharmaceutiques, l’Organisation mondiale de la santé, la Banque européenne d’investissement et le Wellcome Trust. Mais les antifongiques ne sont pas une priorité. Le fonds ne cible pas encore les levures telles que C. auris ou les moisissures telles que l’aspergillus.

Sans ce soutien, le développement d’antifongiques sera entravé, selon Rex de F2G. La rareté relative des cas rend les essais cliniques compliqués et coûteux, et avec l’arrêt du processus d’examen accéléré de la FDA au Congrès, le processus d’approbation peut prendre des années. Pour les fabricants de médicaments, l’incitation financière est moins convaincante, selon Rex, qui note qu’ils sont “toujours plus intéressés par le cancer ou la maladie d’Alzheimer”.

Les options se réduisent alors que les superchampignons prolifèrent. Rex compare le problème à l’entretien des infrastructures : s’occuper des lignes d’égout n’est rarement la priorité de quelqu’un, jusqu’à ce qu’il y ait une catastrophe. “Il est important de prendre soin de vos canalisations, mais ce n’est pas amusant”, dit-il. “Payer pour la préparation n’est pas amusant”.

Pour sensibiliser, Lyman des CDC prend la route, éduquant autant de médecins qu’elle le peut et appelant à un sentiment d’urgence. “Il y a beaucoup d’endroits où cela ne semble tout simplement pas être un problème pour eux”, dit Lyman.

“Jusqu’à ce que ce soit un problème pour eux”, ajoute-t-elle.