Le virus COVID évolue trois fois plus rapidement chez les cerfs que chez les humains

COVID virus evolves three times faster in deer than in humans.

Les variantes de la COVID-19 évoluent trois fois plus rapidement chez les cerfs à queue blanche que chez les humains, selon une nouvelle étude.

Les cerfs servent de réservoirs de virus, des endroits où un virus prospère et se multiplie, ce qui en fait le parfait hôte pour une mutation continue.

Le virus semble également se transmettre entre les humains et les cerfs, où l’analyse génomique a montré qu’au moins 30 infections chez les cerfs ont été introduites par des humains. La façon dont ce saut se produit reste un mystère pour les experts.

« Nous parlons généralement de la transmission interspécifique comme d’un événement rare, mais ce n’était pas un échantillonnage énorme, et nous sommes capables de documenter 30 transmissions. Il semble se déplacer assez facilement entre les humains et les animaux », a déclaré l’auteur principal Andrew Bowman. Il est professeur agrégé de médecine vétérinaire préventive à l’université de l’Ohio à Columbus.

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Les scientifiques ont étudié cela en collectant plus de 1 500 prélèvements nasaux chez des cerfs vivant en liberté dans 83 des 88 comtés de l’Ohio entre novembre 2021 et mars 2022.

Plus de 10 % des échantillons étaient positifs pour le virus de la COVID-19. Les scientifiques ont trouvé au moins un cas positif dans 59 % des comtés où les tests ont eu lieu.

« Et les preuves s’accumulent que les humains peuvent l’attraper des cerfs – ce qui n’est pas radicalement surprenant. Ce n’est probablement pas unidirectionnel », a déclaré Bowman dans un communiqué de presse de l’université.

La circulation du virus chez les cerfs pourrait entraîner sa propagation à d’autres animaux sauvages et à du bétail.

Bowman et ses collègues étudient cela et ont déjà signalé avoir trouvé des infections chez des cerfs à queue blanche dans neuf endroits de l’Ohio à la fin de l’année 2021.

« Nous nous sommes étendus à travers l’Ohio pour voir si c’était un problème localisé – et nous le trouvons dans de nombreux endroits, donc ce n’est pas seulement un événement localisé », a déclaré Bowman. « À l’époque, on pensait que c’était peut-être seulement chez les cerfs urbains car ils sont en contact plus étroit avec les humains. Mais dans les régions rurales de l’État, nous trouvons beaucoup de cerfs positifs. »

L’étude a également détecté des anticorps contre la COVID dans des échantillons de sang provenant d’infections antérieures. Les chercheurs estiment qu’environ 23,5 % des cerfs de l’Ohio ont été infectés à un moment donné.

Les scientifiques ont collecté 80 séquences génomiques complètes dans les échantillons représentant des groupes de variants viraux. Ils ont également trouvé les variants Delta et Alpha bien connus.

La composition génétique des variants Delta chez les cerfs correspondait aux lignées dominantes trouvées chez les humains à l’époque. Les auteurs ont déclaré que cela indiquait des événements de transmission et que la transmission de cerf à cerf se faisait en clusters, certains s’étendant sur plusieurs comtés.

« Il y a probablement une composante temporelle à ce que nous avons trouvé – nous étions à la fin d’un pic Delta chez les humains, et puis nous voyons beaucoup de Delta chez les cerfs », a déclaré Bowman. « Mais nous étions bien après la dernière détection de l’Alpha chez les humains. Donc, l’idée que les cerfs conservent des lignées qui ont depuis disparu chez les humains est quelque chose qui nous inquiétait. »

La vaccination est susceptible d’aider les personnes à prévenir les maladies graves en cas de transmission de la COVID-19 depuis les cerfs, suggèrent les résultats. Les auteurs de l’étude ont noté que les hamsters sibériens vaccinés ne sont pas tombés aussi gravement malades à la suite d’une infection par des variants de cerf que les non vaccinés.

Les variants circulant chez les cerfs devraient continuer à évoluer.

« Non seulement les cerfs sont infectés par le SARS-CoV-2 et le maintiennent, mais le taux de changement est accéléré chez les cerfs – potentiellement loin de ce qui a infecté les humains », a déclaré Bowman.

Jusqu’à présent, aucune épidémie substantielle de souches d’origine cervidé n’a été signalée chez les humains, même avec 30 millions de cerfs vivant en liberté aux États-Unis.

Mais il est très probable que le virus continuera à circuler chez les animaux, car 70 % des cerfs de l’Ohio n’ont pas encore été infectés, selon le rapport.

« La présence de cet hôte animal crée des choses dont nous devons nous méfier », a déclaré Bowman. « Si cette trajectoire se poursuit pendant des années et que nous avons un virus qui s’adapte aux cerfs, est-ce que cela devient la voie d’entrée vers d’autres hôtes animaux, sauvages ou domestiques ? Nous ne le savons tout simplement pas. »

L’étude a été publiée le 28 août dans Nature Communications.

Ce travail a été soutenu par l’Institut national américain des allergies et des maladies infectieuses et l’Institut des maladies infectieuses de l’Ohio State.

SOURCE : Université d’État de l’Ohio, communiqué de presse, 28 août 2023